Кафе появилось еще в 60-х годах. В первые годы свой жизни это была самая обычная «стекляшка», где можно было заказать кофе и порцию пельменей. Название кафе получило по скульптурной композиции, стоящей рядом — два аиста. Поэтому заведение в народе называли «Аист», «Три ноги» или «Две цапли». Рядом было кафе-мороженое, тоже весьма популярное в те времена.
Сюда приходили трапезничать и гулять актеры Театра на Бронной, студенты Литинститута, хиппи, местные и вообще все кто оказывался поблизости. Еще гуляли в «Аисте» «поэты-смогисты» — члены Самого Молодого Общества Поэтов.
Затем кафе снесли, возродили в 90-е. Тогда в кафе собирались совсем другие люди, нередко случались горячие разборки.
После этого кафе снова закрывают, а уже ближе к нашему времени оно становится частью Novikov Group и превращается в дорогой красивый ресторан.